Научный центр экологии природных комплексов сформирован в 2011 г. в результате объединения лабораторий: популяционной экологии животных, гидроморфных экосистем, почвоведения, ландшафтной экологии.
Направление работы Научного центра заключается в исследовании состава и структуры основных типов природных комплексов Западно-Сибирской равнины и формирование научной основы для рационального использования природных биологических ресурсов этого региона. Исследования ведутся по следующим темам:
1. Мониторинг биологического разнообразия фототрофных организмов в водных объектах Западной Сибири в условиях антропического воздействия на гидроэкосистемы (НИОКТР № 115102010037). Научный руководитель – Свириденко Борис Фёдорович, доктор биологических наук, профессор, директор НИИЭС.
2. Животные Севера Западной Сибири на фоне усиления антропогенного воздействия на экосистемы (НИОКТР № 01201250277). Научный руководитель – Стариков Владимир Павлович, доктор биологических наук, профессор, главный научный сотрудник.
3. Флора урбанизированных территорий в пределах ХМАО – Югры. Научный руководитель – Бордей Римма Ханифовна, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник.
4. Изучение почвенно-биологических процессов трансформации углеводородов в различных климатических зонах ХМАО – Югры с целью разработки технологий рекультивации загрязненных нефтью территорий (НИОКТР № 01201063090). Научный руководитель – Фахрутдинов Айвар Инталович, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник.